侧柏的种子、叶片可作药用，这是其他柏树所不能取代的。《本草纲目》中就有“入药惟取叶扁而侧生者”的说法。侧柏的种子称柏子仁，富含油脂，甘甜质润，能补心脾、滋肝肾，是养心安神的良药。善治久病体虚引起的虚烦失眠、心慌心悸、惴惴不安、易惊吓等证。临床多与酸枣仁、远志、五味子、茯苓等和用，如养心汤。柏子仁又能润燥滑肠，能治疗血虚肠燥的，极适合老年患者服用，著名中成药五仁丸就是用柏子仁、松子仁、郁李仁和桃仁、杏仁等制成的，润肠通便的效果很好。

侧柏叶属凉血、止血药，可用于血热妄行引起的各种出血证，多与鲜生地、鲜荷叶、白茅根等清热凉血药配伍使用。鼻衄不止的患者可用干侧柏叶、干槐树花各半研末吹入鼻孔的方法来止血。咳嗽痰中带血或牙龈出血的患者，用侧柏叶15克煎汤服用也有很好的疗效。血热引起的头发早白、、头皮瘙痒或脱屑，经常用侧柏叶30～50克煎汤洗头能起到疏风清热、凉血止痒、乌发的作用。有人用侧柏叶做成枕头治疗失眠，效果也不错。由于柏子仁可以养心安神，其枝叶中必定也有同样的有效物质，加之其本身含有芳香油，能使人精神愉快，在修剪柏树的季节里收集剪落的枝叶，将其剪碎、晒干，塞入枕头，可让您在侧柏淡雅的清香中安然入眠。