偏瘫后遗症期的治疗选择重点应放在中草药+患肢针灸+家庭运动康复治疗与异常步态的纠正训练方面。

中草药应以临床辨证为基础，活血化瘀为本，选用桃仁四物汤，或补阳还五汤为主，亦可选用四藤汤。在以上辨证选方应用中还应注重虫类的选用。如白花蛇、水蛭、全蝎等。并注意随症加减，如瘫肢疼痛、麻木、关节挛缩拘紧者应侧重选用桂枝、牛膝、天麻、伸筋草等。以消除疼痛，减轻麻木，缓解瘫肢拘紧之症。以上中草药的应用方法，除水煎服外，其药渣乘热装入事先备好的4层纱布袋内，给予瘫肢疼痛或拘紧部位的热敷，可显著增强舒筋、止痛、除麻、扶温之功，使瘫肢疼痛、挛缩、麻木之症显著缓解或好转。同时配合针灸运动疗法更会使其疗效倍增。
在瘫肢针灸治疗期间应注重与运动疗法与纠正习惯性异常行走步态的训练紧密配合更能使瘫肢运动功能取得更好的疗效。在患者瘫肢功能恢复期未有得到焦氏头针治疗者，在后遗症期再给予头针治疗亦能取得较好的治疗效果。如偏瘫伴不完全运动性失语者给予针刺运动区和加强针刺运动区下2/5(又称言语1区)的同时十中药补阳还五汤煎服+语言功能训练+异常步态的纠正训练亦可使病人取得显著好转或基本治愈。又如当小脑血管阻塞或出血性偏瘫后遗症时，患者常为共济失调性轻偏瘫，步态呈蹒跚状或快速小碎步前倾慌张步态，易向病灶侧倾倒，此时虽然已进入后遗症期，但经针刺捻转病灶对侧运动区和加强针刺病灶侧平衡区，同时选择服用消栓通络胶囊或消栓再造丸等中成药。亦可使病人达到基本治愈或显著好转。
在偏瘫后遗症期综合性治疗的同时还应注意稳定血压，降低血液粘度等治疗，以防再次复发。